Дизајн протеина

С Википедије, слободне енциклопедије

Дизајн протеина је процес формирања нових протеина, било de novo или путем прављења прорачунатих варијација познатих структура. Употреба техника рационалног дизајна је главни аспект протеинског инжењерства.

Дизајн рачунарских модела протеина, и секундарне структурне модификације реалних протеина су почели средином 1990-тих. Де ново дизајн реалних протеина је постао могућ ускоро након тога, и у 21. веку је то постало продуктивно научно поље.

Примери дезајна протеина[уреди | уреди извор]

У раном 21. веку је почео развој малих протеина са реалним биолошким функцијама, укључујући стереоселективну катализу,[1] детекцију јона,[2] и антивирално дејство.[3] Користећи рачунарске методе, протеин са новим структурним мотивом је дизајниран, који се назива Top7,[4] као и сензори за вештачке молекуле.[5] Дизајн фузионих протеина је произвео рилонацепт, лек који је ФДА одобрила за лечење криопирин везаног периодичног синдрома. Уз помоћ рачунарског редизајна било је могуће променити специфичнот кофактора Candida boidinii ксилозне редуктазе од НАДПХ у НАДХ.[6]

Референце[уреди | уреди извор]

  1. ^ Сагхателиан, Алан; Yокобаyасхи, Yохеи; Солтани, Катхy & Гхадири, M. Реза (2001). „А цхироселецтиве пептиде реплицатор”. Натуре. 409 (6822): 797—801. ПМИД 11236988. дои:10.1038/35057238. 
  2. ^ Нагаи, Такехару; Саwано, Асако; Парк, Еун Сун & Миyаwаки, Атсусхи (2001). „Цирцуларлy пермутед греен флуоресцент протеинс енгинееред то сенсе Ца2+”. Процеедингс оф тхе Натионал Ацадемy оф Сциенцес. 98 (6): 3197—3202. Бибцоде:2001ПНАС...98.3197Н. ПМЦ 30630 Слободан приступ. ПМИД 11248055. дои:10.1073/пнас.051636098. 
  3. ^ Роот, Мицхаел Ј.; Каy, Мицхаел С.; Ким, Петер С. (2001). „Протеин десигн оф ан ХИВ-1 ентрy инхибитор”. Сциенце. 291 (5505): 884—888. Бибцоде:2001Сци...291..884Р. дои:10.1126/сциенце.1057453. 
  4. ^ Кухлман, Бриан; Дантас, Гаутам; Иретон, Грегорy C.; Варани, Габриеле; Стоддард, Баррy L. & Бакер, Давид (2003). „Десигн оф а Новел Глобулар Протеин Фолд wитх Атомиц-Левел Аццурацy”. Сциенце. 302 (5649): 1364—1368. Бибцоде:2003Сци...302.1364К. ПМИД 14631033. дои:10.1126/сциенце.1089427. 
  5. ^ Лоогер, Лорен L.; Дwyер, Марy А.; Смитх, Јамес Ј. & Хеллинга, Хомме W. (2003). „Цомпутатионал десигн оф рецептор анд сенсор протеинс wитх новел фунцтионс”. Натуре. 423 (6936): 185—190. Бибцоде:2003Натур.423..185Л. ПМИД 12736688. дои:10.1038/натуре01556. 
  6. ^ Кхоурy, ГА; Фазелиниа, Х; Цхин, ЈW; Пантазес, РЈ; Цирино, ПЦ; Маранас, CD (2009). „Цомпутатионал десигн оф Цандида боидинии xyлосе редуцтасе фор алтеред цофацтор специфицитy”. Протеин Сциенце. 18 (10): 2125—38. ПМЦ 2786976 Слободан приступ. ПМИД 19693930. дои:10.1002/про.227. 

Литература[уреди | уреди извор]

  • Dahiyat, Bassil I. & Mayo, Stephen L. (1997), „De Novo Protein Design: Fully Automated Sequence Selection”, Science, 278 (5335): 82—87, PMID 9311930, doi:10.1126/science.278.5335.82 
  • Sander, Chris; Vriend, Gerrit; Bazan, Fernando; Nakamura, Haruki; Ribas, Luis; Finkelstein, Alexei V.; Lockhart, Andrew; Merkl, Rainer; et al. (1992), „Protein Design on computers. Five new proteins: Shpilka, Grendel, Fingerclasp, Leather and Aida”, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 12 (2): 105—110, PMID 1603799, doi:10.1002/prot.340120203 
  • Jin, Wenzhen; Kambara, Ohki; Sasakawa, Hiroaki; Tamura, Atsuo & Takada, Shoji (2003), „De Novo Design of Foldable Proteins with Smooth Folding Funnel: Automated Negative Design and Experimental Verification”, Structure, 11 (5): 581—590, PMID 12737823, doi:10.1016/S0969-2126(03)00075-3 
  • Pokala, Tracy M. & Handel, Navin (2005), „Energy Functions for Protein Design: Adjustment with Protein–Protein Complex Affinities, Models for the Unfolded State, and Negative Design of Solubility and Specificity”, Journal of Molecular Biology, 347 (1): 203—227, PMID 15733929, doi:10.1016/j.jmb.2004.12.019 
  • Röthlisberger, Daniela; Khersonsky, Olga; Wollacott, Andrew M.; Jiang, Lin; Dechancie, Jason; Betker, Jamie; Gallaher, Jasmine L.; Althoff, Eric A.; Zanghellini, Alexandre (2008), „Kemp elimination catalysts by computational enzyme design”, Nature, 453 (7192): 190, Bibcode:2008Natur.453..190R, PMID 18354394, doi:10.1038/nature06879 
  • Jiang, Lin; Althoff, Eric A.; Clemente, Fernando R.; Doyle, Lindsey; Rothlisberger, Daniela; Zanghellini, Alexandre; Gallaher, Jasmine L.; Betker, Jamie L.; Tanaka, Fujie (2008), „De Novo Computational Design of Retro-Aldol Enzymes”, Science, 319 (5868): 1387, Bibcode:2008Sci...319.1387J, PMID 18323453, doi:10.1126/science.1152692 

Види још[уреди | уреди извор]

Преузето из „https://sr.wikipedia.org/w/index.php?title=Dizajn_proteina&oldid=27558938”