Отворени оквир читања
У молекуларној генетици, отворени оквир читања (ORF) је део гена који кодира протеин. Место транскрипционе терминације је лоцирано иза ОРФ-а, изван транслационог стоп кодона. Ако би се транскрипција зауставила пре него што рибозом досегне транслационни стоп кодон, некомплетни протеин би се формирао.[1]
Нормално, уметања која прекидају оквир читања узрокују мутације померања оквира секвенци и дислоцирају стоп кодоне секвенци.
Значај[уреди | уреди извор]
Отворени оквири читања се често користе као један од доказа у предвиђању гена. Дугачки ОРФ-ови се често користе, заједно са другом доказима, за иницијално идентификовање кандидата протеин кодирајућих региона у ДНК секвенци.[2] Присуство ОРФ-а не мора да значи да се регион икад транслира. На пример, у рандомно генерисаној ДНК секвенци са једнаким процентом свих нуклеотида, стоп кодон се може очекивати једном у свака 21 кодона.[2] Једноставни алгоритам за предвиђање гена прокариота може да тражи старт кодон, чему следи отворени оквир читања који је довољно дуг да кодира типични протеин, при чему употреба кодона тог региона одговара карактеристичној фреквенцији кодирајућег региона датог организма.[2] Сам по себи чак и дуги отворени оквир читања није убедљив доказ присуство гена.[2]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Слонцзеwски, Јоан, анд Јохн Wаткинс. Фостер. Мицробиологy: Ан Еволвинг Сциенце. Неw Yорк: W.W. Нортон &, 2009.
- ^ а б в г Рицхард, Деониер; Симон Таварé; Мицхаел Wатерман (2005). Цомпутатионал Геноме Аналyсис: ан интродуцтион. Спрингер-Верлаг. стр. 25. ИСБН 978-0-387-98785-9.