U periodu od 1899. do 1927. godine u Frankfurtu je nastalo nekoliko klubova, koji su spajani i razdvajani. Za prvog među njima smatra se FFC Viktorija 1899, osnovana 8. marta te godine. U konačnom obliku fudbalski klub Ajntraht Frankfurt je bio formiran tek 1967. godine.
Daleko najjači u Hesenu, Ajntraht nikada nije imao previše uspeha na nacionalnom nivou, ne ostvarivši nikakav značajniji uspeh pre Drugog svetskog rata. U posleratnoj Nemačkoj „Orlovi“ su osvojili dva šampionata južne zone - 1953. i 1959. godine. Posle drugog od njih odigrali su dobro i u plej of grupi, pa su za titulu igrali sa lokalnim rivalom Kikersom iz Ofenbaha. Uzbudljivi finalni okršaj 28. juna u Berlinu završen je pobedom Ajntrahta posle produžetka od 5:3 i jedinom titulom u istoriji kluba.
U istoriji evropskog fudbala, Ajntraht se upisao sledeće godine, kao učesnik najatraktivnijeg finala u istoriji Kupa šampiona. Alfredo di Stefano i Ferenc Puškaš dali su nemačkom prvaku sve golove u pobedi 7:3 na Hemden Parku.
Kada je 1963. osnovana Bundesliga, Ajntraht je bio jedan od 16 njenih članova i to će ostati neprekidno u prva 33 šampionata. Za to vreme klub je osvojio niz trofeja u Kupu Nemačke - 1974, 1975, 1981, 1988, i 2018. godine. Najveći uspeh je ostvaren 1980. godine, kada je Ajntraht osvojio Kup UEFA. Te sezone u polufinalu su igrale četiri nemačke ekipe, a Ajntraht je pobedio Bajern i Borusiju iz Menhengladbaha.
Najbliže novoj tituli Ajntraht je bio 1992. godine, kada je za Štutgartom zaostao dva boda na kraju sezone, ali nikada u Bundesligi nije završio na prve dve pozicije. Od tada je Ajntraht konstantni putnik iz prve u drugu ligu i nazad.
Fudbalski klub je postao akcionarsko društvo 1. jula2000. godine. Vode ga tri člana poslovodnog odbora, na čelu sa predsednikom Heribertom Bruhagenom (Heribert Bruchhagen), bivšim igračem FK Giterslo (1969—1982). Poslovodni odbor nadzire osmočlani nadzorni odbor na čelu sa Herbertom Bekerom (Herbert Becker), predstavnikom glavnog Ajntrahtovog sponzora Fraporta (aerodrom Frankfurt).
Matijas Bek
